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공단이 공급하는 용역 관련 매입세액..."비과세사업과 관련된 것, 불공제대상"	2024.04.24
◆…법무법인 광장 오윤선 변호사 .(사진=법무법인 광장 제공) 국가적인 차원의 사업수행을 위하여 설립된 공단(公團)이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우로서 공급하는 용역이 비과세사업과 관련된 경우, 그 용역 공급에 관련된 매입세액은 공제될 수 없다고 판단한 대법원 판결이 선고되었다(대법원 2023. 8. 31. 선고 2020두56385 판결, 이하 "대상판결"). 대상판결은 관련법령상 공단의 설립목적 및 사업범위에 비추어 공단의 용역 공급이 공단이 영위하는 과세사업과는 구분되는 별개의 비과세사업에 해당함을 전제로, 해당 용역 공급 관련 매입세액은 비과세사업과 관련되어 불공제대상임을 확인하여 주었다는 점에서 의의가 있다. 대상판결의 사안을 살피건대, 원고(국가철도공단)는 철도산업발전기본법에 따른 철도시설관리자로서 철도시설을 한국철도공사에게 임대하고 그에 대한 대가로 사용료를 지급받는 내용의 계약(이하 "이 사건 계약")에 따라 임대용역을 공급하는 사업(이하 "이 사건 임대사업")을 영위하고 있다. 동시에 원고는, 국가로부터 ➀ 일반철도 건널목 관리업무를 위탁받아 이를 한국철도공사에 위탁하는 방식으로, ➁ 터널, 교량, 관제센터 등의 국가중요시설에 대한 경비, 보안 및 방호업무를 위탁받아 이를 민간업체에 위탁하는 방식으로, 위 각 업무를 수행하고 있다. 원고는 위와 같이 관리용역 및 방호용역(이하 통틀어 "이 사건 용역")을 타기관에 위탁하여 수행하도록 하면서 이에 대한 대가는 정부로부터의 출연금을 재원으로 지급하고 있다. 원고는 이 사건 용역과 관련된 매입세액 9,045,318,513원(= 관리용역 4,622,525,094원 + 방호용역 4,422,793,419원, 이하 '이 사건 매입세액')을 매출세액에서 공제하여 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 부가가치세를 신고하였다. 이에 대하여 피고(대전세무서장)는 2018. 1. 16. 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세 합계 12,405,115,190원(가산세 포함)을 경정·고지하였다. 부가가치세법은 사업자가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 일정한 매입세액을 공제한 금액을, 해당 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액으로 정하고 있다(부가가치세법 제37조). 이때 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당하는 반면, 면세사업 및 비과세사업(이하 '면세사업등')에 관련된 매입세액은 불공제대상이다(부가가치세법 제38조 제1항 제1호, 제39조 제1항 제7호). 이 사건의 쟁점은 이상과 같은 부가가치세법상 이 사건 매입세액이 공제대상인지 여부이다. 즉, 원고가 과세사업인 이 사건 임대사업 이외에 면세사업등을 겸영하고 있는지, 이 사건 매입세액이 면세사업등에 관련된 것인지가 쟁점이 되었다. 이에 관하여 1심(대전지방법원 2019. 12. 19. 선고 2018구합106691 판결)은 사업 관련성이 인정되는 매입세액은 특별히 부가가치세법상 열거된 매입세액 불공제대상에 해당하지 않는 한 모두 공제되어야 하는데(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결), 이 사건 용역 공급은 그 자체로 독립하여 대가를 얻을 수 있는 별도의 사업이라고 하기 어렵고 과세사업인 이 사건 임대사업 수행에 필요한 것으로서 사업 관련성이 인정된다는 이유로 이 사건 매입세액은 공제대상에 해당한다고 보았다. 마찬가지로 2심(대전고등법원 2020. 11. 19. 선고 2020누10256 판결)도 이 사건 용역의 대상시설 모두 원고가 관리하여야 할 철도시설이고, 이 사건 계약 이행을 위해서는 이러한 철도시설을 철도 운행에 적합한 상태로 제공 및 유지하여야 하므로, 이 사건 용역이 이 사건 임대사업과 관련성이 있다는 이유로 이 사건 매입세액은 공제대상에 해당한다고 판단하였다. 그러나 대상판결은 1심 및 2심과 결론을 달리하였다. 대상판결은 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영할 경우 각 사업 관련 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고 오로지 비과세사업에 관련된 매입세액은 불공제대상이라는 전제 하에(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결), 원고는 과세사업인 이 사건 임대사업과 비과세사업인 철도건널목 관리사업 및 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있으며 이 사건 매입세액은 오로지 비과세사업에 관련된 것으로 실지귀속을 구분할 수 있으므로 공제될 수 없다고 보았다. 대상판결이 이 사건 매입세액을 오로지 비과세사업과 관련된 것으로 판단한 것은, ➊ 이 사건 계약상 원고가 이행해야 할 급부 내용에 이 사건 용역이 포함되지 않고, ➋ 이 사건 계약에 따른 임대용역 공급에 원고가 공익적 목적에서 수행하는 이 사건 용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수 없으며, ➌ 이 사건 용역의 공급 여부는 이 사건 임대사업의 공급대가에 아무 영향을 미치지 않는다는 등의 이유에서였다. 원고는 철도산업발전기본법 및 국가철도공단법에 따라 국민 교통편의 증진 등에 기여할 목적으로 국가 소유의 철도시설 건설 및 관리를 위한 업무 집행조직으로 설립되었다. 즉, 원고는 국가적인 차원의 사업수행을 위해 설립된 공단으로서 철도시설의 건설, 관리 등의 사업을 영위하는바, 이러한 설립목적 및 사업범위에 따라 국가가 원고에게 건널목 관리업무 및 방호업무를 위탁하고 이에 관한 출연금을 지급하며, 원고는 해당 업무를 타기관에 위탁하는 방식으로 수행함으로써 일반 공중에 무상으로 이 사건 용역을 공급하는 것으로 이해된다. 이렇게 원고가 국가로부터 위탁받아 국가의 출연금을 재원으로 수행하는 이 사건 용역 공급은 부가가치세법 제26조 제1항 제9호 소정의 국가의 용역 공급 사업에 준하여 면세사업등에 해당한다고 볼 여지도 있고, 이 사건 계약 체결 여부와 관계없이 이루어지는 이 사건 용역 공급을 이 사건 임대사업과는 별개의 사업으로 봄이 합리적인 측면이 있는바, 대상판결의 타당성이 인정될 수 있다. 대법원 2023. 8. 31. 선고 2020두56384 판결 [저작권자 ⓒ 조세일보(http://www.joseilbo.com). 무단전재 및 재배포 금지]
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