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독립세 전환 전 법인세 이월세액공제는 전환 후 지방소득세 공제 안돼	2024.02.05
법인세액의 10%로 지방소득세를 계산하던 방식에서 법인세 과세표준을 지방소득세 과세표준으로 하고 여기에 세율을 적용하여 세액을 산출하는 독립세 방식으로 변경된 이후, 과거에 공제받지 못한 법인세 이월세액공제를 지방소득세 계산 시 적용받을 수 없다는 판결이 나왔다. 대법원은 최근 "이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정하는 것이므로, 여기서 말하는 '종전의 규정'은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다"라고 판결하였다. 지방세법은 법인세 납세의무자에게 지방소득세 납부 의무를 부과하고 있다. 과거 지방소득세는 '법인세액'의 10%로 되어 있었다. 그 후 지방세가 독립세로 전환되면서 법인세액과는 관련없이 독자적으로 지방소득세를 산출하는 구조를 갖추게 되었다. 독립세 방식에서는 법인세 과세표준을 지방소득세 과세표준으로 하고 여기에 세율을 곱하여 부담할 지방소득세를 계산하도록 하고 있다. 개정 전 지방세법상 지방소득세액을 계산하기 위해서는 먼저 법인세액이 확정되어야 한다. 법인세액은 법인세 과세표준에 세율을 적용한 후 각종 세액공제 금액을 차감하여 산출되므로, 결과적으로 법인세에서 세액공제가 적용되면 자동적으로 지방소득세에서도 세액공제가 적용되는 효과가 나타난다. 그러나 독립세로 전환된 지방세법에서는 법인세 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 하고 여기에 세율을 적용하므로, 법인세에서 인정되던 세액공제가 지방소득세에서는 인정되지 않게 되었다. 이 사건에서 납세자는 법인세 세액공제 대상인 연구개발비를 지출하였다. 연구개발비 세액공제 금액은 지출한 금액의 일정 비율로 계산된다. 이렇게 계산된 세액공제 금액이 세법에서 정한 당해 사업연도의 공제한도를 넘으면, 다음 사업연도에 이월하여 공제된다. 이러한 이월공제는 5년까지 인정된다. 이 사건에서 납세자는 한도로 인해 연구개발비 세액공제를 전액 받지 못하였다. 그러던 중 지방세법이 개정되어 지방소득세가 독립세로 전환되어 버렸다. 본래 이월세액공제를 적용받아 법인세액이 줄어들고 자동적으로 지방소득세 부담도 줄어들 것이었으나, 지방세법이 개정되면서 이러한 효과가 사라져 버린 것이다. 이에 납세자는 개정된 지방세법에서도 연구개발비 이월세액공제를 반영하여 지방소득세를 계산해야 한다고 주장하였다. 이 사건에서 개정 지방세법 부칙은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'라는 규정을 두었다. 이처럼 구법질서 하에서 유지되던 지위나 이익을 보호하기 위해 개정 법령 전반에 적용될 것을 예정하고 있는 경과조치를 '일반적 경과규정'이라고 한다. 대법원은 일반적 경과규정을 근거로 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하기 위해서는 종전 규정에서 장래의 한정된 기간 동안 감면을 명시적으로 규정했어야 한다는 입장이다. 그런데 이 사건의 종전 규정은 문언상 지방소득세의 산출방법만을 정한 규정이었고, 감면 효과는 다른 세법의 법인세 세액공제 규정에 의한 것이었다. 따라서 이 사건에서는 종전의 지방세법 규정이 다른 세법의 규정과 함께 명시적인 감면규정으로 인정될 수 있는지가 쟁점이 되었다. 원심판결은 구법 시행 당시 지방소득세의 산출방법에 관한 종전의 지방세법 규정과 법인세 세액공제 등에 관한 다른 세법의 규정을 모두 적용하여야만 지방소득세를 부과할 수 있었으므로, 위 규정들이 모두 명시적인 감면규정으로서 종전의 규정에 포함된다고 판단하였다. 구법 시행 당시 지방소득세에 관하여 5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월세액공제가 적용될 것을 믿은 납세자의 신뢰는 보호가치가 있다고 본 것이다. 그러나 대상판결은 다음과 같이 이 사건에서 명시적인 감면규정이 존재하지 않는다는 이유로 원심판결을 파기·환송하였다. ① 일반적 경과규정에서 말하는 '종전의 규정'은 개정 대상이 된 개정 전 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. ② 따라서 법인세 세액공제 등에 관한 다른 세법의 규정은 위 '종전의 규정'에 해당한다고 볼 수 없다. ③ 개정 전 지방세법 규정은 지방소득세의 산출방법에 관한 규정일 뿐 조세감면을 명시적으로 규정한 것이 아니다. 조세채무는 세법에서 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하므로, 세법이 개정되는 경우에는 과세요건의 충족 시점을 기준으로 개정 이후에 과세요건이 충족된 분부터 신법이 적용되는 것이 원칙이다. 그런데 이 사건에서 납세자가 지방소득세의 과세기간이 도래하기 수년 전부터 연구비 등을 지출해왔듯이, 구법질서에 대한 신뢰는 과세요건의 충족 시점이 아니라 과세요건과 관련된 거래나 행위를 하는 시점부터 형성되는 경우가 많다. 이러한 경우 법 개정으로 도모하는 공익적 목적이 구법질서에 대한 당사자의 신뢰이익 침해를 정당화할 수 없는 경우에는 헌법상의 신뢰보호원칙에 따라 경과규정 등 적절한 조치를 취해야 한다. 결국, 개정법률 부칙의 일반적 경과규정을 매개로 구법을 적용할 수 있는지 여부를 판단하는 것은 납세자에 대하여 예외 없이 신법을 적용할 필요가 있는지를 형량하는 과정이다. 대법원은 위와 같은 형량에 있어 '개정 전 세법 규정이 장래의 한정된 기간 동안 조세감면을 명시적으로 규정하였는지', '납세자가 세법 개정 이전에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위를 하였는지' 등의 기준을 제시한바 있다. 그런데 대상판결은 실질적인 형량에 나아가지 않고 앞서 살펴본 논리만으로 원심판결을 파기하였다. 이는 지난 수십 년간 법인세액을 과세표준으로 하여 법인세 세액공제 효과를 누려온 지방소득세의 과세체계를 도외시한 채 형식논리를 지나치게 기계적으로 적용한 것이 아닌가 하는 의문이 든다. 같은 결론으로 나아가더라도, 대상판결로서는 납세자의 신뢰가 보호가치가 있는지에 대하여 보다 실질적인 판단을 했어야 할 것이다. 대법원이 일반적 경과규정에 관하여 형식논리보다 헌법적 가치를 고려한 합목적적인 해석을 해주기를 기대해 본다. 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두41696 판결, 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두50393 판결 [저작권자 ⓒ 조세일보(http://www.joseilbo.com). 무단전재 및 재배포 금지]
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