납세자가 회계프로그램 오류로 부가가치세 계산서 발행을 마감일보다 하루 늦게 한 것을 두고, 가세산세를 부과한 국세청의 처분에 문제가 있다는 조세심판원의 결정이 나왔다.

올해 4월 A법인은 종합 도매상가 7개호(쟁점부동산)를 B법인에게 넘기면서 전세금과 근저당, 공동담보채무, 단독담보 채무 등 모든 의무를 포괄 양도했다. A법인은 이와 같은 포괄양수도가 부가가치세(부가세) 계산서 발행 대상이 아니라고 판단했다.

부가세 계산서 마감일인 5월 10일이 되자, A법인은 혹시 판단이 잘못됐을 수도 있으므로 세무대리인에게 늦은 저녁이지만 부가세 계산서를 발행해달라고 했다. 세무대리인은 오후 11시 30분에 회계프로그램에 접속해 계산서를 발행하려 했으나 장애가 발생해 결국 다음날인 11일에 발행하게 됐다.

부가세법에 따르면 세금계산서는 재화 공급 또는 용역 제공을 한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 발급해야 한다.

A법인의 전산 장애를 데이터로 확인할 수 없다고 본 국세청은, A법인이 쟁점부동산 매매 계약을 한 뒤 세금신고를 어떻게 할지 고민할 시간이 충분히 있었음에도 늦장을 부리다가 부가세 계산서 발행 마감일을 넘겼다고 봐 지연발행가산세를 경정·고지했다. 이에 A법인은 전산 장애에 의한 신고지연일 뿐인데 가산세까지 무는 것은 억울하다며 조세심판원에 심판청구를 제기했다.

A법인은 "쟁점부동산 양도가 포괄양수도지만, 혹시나 해서 부가세 계산서 발행 마감일에 세금계산서 발행을 하려고 했다"며 "발행하는 과정에서 세무사의 회계프로그램에서 장애가 발생해 하루의 지연이 발생했다"고 주장했다.

이어 "조세심판원의 다수 결정례를 보면 납세자가 세금 납부를 하기 어려운 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않는다고 판단하고 있다"고 강조했다.

국세청은 "회계프로그램에서 객관적인 접속기록이나 오류로그 기록 등이 제출되지 않았다"며 "세금계산서 발행 기한이 얼마 남지 않을 상황에서 발행하려다가 지연이 발생한 것"이라고 맞받았다.

또 "쟁점부동산의 양수자인 B법인이 계산서 지연 수취에 따른 가산세 0.5%를 더해 세금신고를 했으므로 A법인이 주장하는 포괄양수도를 인정할 수도, 가산세를 감면해 줄 사유도 없다"고 했다.

A법인이 주장한 포괄양수도 해당 여부에 대해선 국세청은 이번 건의 쟁점은 납세자가 부가세 계산서 발행을 언제 했냐이며 납세자의 쟁점부동산이 포괄양수도에 해당하는지 아닌지와는 관계없다고 밝혔다.

양측의 의견과 사실관계를 살핀 조세심판원은 A법인의 손을 들어줬다.

심판원은 "A법인이 제출한 프로그램 오류 캡처 사진을 보면 세금계산서 발행기한인 2022년 5월 10일 오후 11시 42분에 계산서를 발행한 것으로 보인다"며 "전산 장애 등으로 계산서를 마감일에 발행하지 못하고 다음 날인 11일에 정상 발급했기 때문에 A법인이 계산서 발급의무를 의도적으로 기피한 것은 아닌 것으로 보인다"고 지적했다.

아울러 "지연발급의 경위와 지연 정도를 고려하지 않고 일률적으로 1%의 가산세를 부과한 것은 과도한 제재로 보이므로 국세청의 부과처분을 취소한다"고 밝혔다.

[참고심판례: 조심2023구3507]