현행 지방세특례제한법은 학교 등이 교육 목적에 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고 있습니다. 학교사업을 활성화해 국민에게 교육의 기회를 넓히는 등 국민교육수준을 향상시키기 위한 목적이죠.

하지만 이 규정에는 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 지날 때까지 교육목적으로 취득한 부동산을 사용하지 않으면 취득세가 추징된다는 단서 조항이 붙어있습니다.

세금에 대한 혜택을 주는 특례 규정인 만큼, 목적에 맞게 사용하는 지에 대한 과세관청의 감시망이 작동될 수 밖에 없다는 이야기죠. 이런 이유로 과세관청과 납세자 간의 다툼이 빈번히 발생하는 사례이기도 합니다.

현장을 조사하고 작성한 출장복명서에 A법인이 교육목적으로 취득한 부동산을 '펜션'이라고 적어낸 세무공무원. 학과 워크숍·동아리 연수·세미나 등 현장학습장소로 사용하고 있다는 A법인의 주장. 과연 심판원은 어떤 판단을 내렸을까요.

□ 세무공무원 "펜션인 것 같습니다. 과세하시죠" = 과세관청은 A법인이 지난 2011년 10월 취득한 토지 및 지상건축물에 대해 A법인이 학교용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제했습니다.

이후 A법인은 2012년 3월 부동산과 구내식당 등 학생들을 위한 후생복리시설을 조합에 위탁해 운영하기로 하고, 2011년 10월부터 2014년 8월까지 총 51건의 학교행사(워크숍 등)를 진행했습니다.

그 외에는 학생 등이 학과 및 동아리 수련회 등을 위해 개인적으로 예약을 한 후 사용했으며, 외부단체도 일정한 요금을 내고 부동산을 일시적으로 사용했습니다.
 
하지만 외부단체에 대한 부분이 문제가 됐습니다.

2014년 6월 부동산의 사용 현황을 조사한 세무공무원은 한 외부단체가 A법인의 부동산을 펜션으로 사용한다고 기재했고, 이에 따라 과세관청은 같은 해 12월, A법인이 부동산을 학교용도가 아닌 다른 용도로 사용한다고 보아 취득세 등을 부과·고지했습니다.

A법인은 과세관청의 처분에 즉각 불복하고 지난 2월 심판원의 문을 두르렸습니다.

□ "학교용도에 직접 사용했다"vs"휴양시설이다" = A법인은 "해당 부동산은 학생 등이 학과 워크숍·동아리 연수·세미나 등 현장학습장소로 사용하고 있으므로 이는 청구법인이 학교용도에 직접 사용하는것으로 보아야 한다"고 주장했습니다.

이어 "부동산은 교육연수시설로서 A법인의 기본재산으로 등재되어 있고, 홈페이지에도 학생 등의 연수시설로 안내하고 있다"고 덧붙였습니다.

아울러 "외부인들이 일시적으로 사용했다는 사실만으로 이 건 부동산을 A법인의 수익사업용 부동산으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다"고 설명했습니다.

과세관청의 의견은 달랐습니다.

과세관청은 "학교용도에 직접 사용하는 부동산이란 학생들의 교육 및 연구활동에 직접·간접적으로 필요한 구조 및 시설물, 장비 등을 갖추고 있어야 하나, 해당 부동산은 교육 및 연구활동을 위한 별도의 시설 및 장비 등을 갖추고 있지 않다"고 반박했습니다.

이어 "A법인이 제출한 부동산의 예약(사용)현황(1353건)만으로 학생 등이 학교 용도에 직접 사용하였는지 여부를 확인하기 어려우며, A법인이이 부동산에서 해외봉사 및 장애학생 봉사 관련 수련회(워크숍)를 개최했다고 하더라도 그 횟수는 연간 1회 내지 3회에 불과하다"고 주장했습니다.

그러면서 "부동산은 휴양시설로서 A법인이 학교용도에 직접 사용하는 부동산이라고 보기는 어려우므로 과세관청이 A법인에게 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다"고 설명했습니다.

아울러 과세관청은 "설령 학교 용도에 직접 사용하고 있는 것으로 본다고 하더라도 A법인으로부터 부동산의 관리 및 운영을 위탁받은 조합은 A법인과 별개의 단체로서 지방세특례제한법의 학교 등에 해당하지 아니하므로 취득세 등을 면제할 수는 없다"고 말했습니다.

□ 심판원 "세무공무원 보고내용, 사실과 다르다" = 양측의 의견을 면밀히 살핀 심판원은 과세관청의 주장에서 사실과 다른 점이 발견된다며 A법인의 손을 들어줬습니다. 즉, A법인이 학교 용도에 맞게 부동산을 사용했다고 판결한 것 입니다.

심판원은 "지방세특례제한법의 '해당 용도로 직접 사용'이란 현실적으로 부동산이 학교 용도에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 범위는 학교법인의 사업목적과 취득목적을 고려헤 그 실제의 사용관계를기준으로 객관적으로 판단해야 한다"고 설명했습니다.

이어 "A법인은 부동산을 학생 등의 연수시설 등으로 사용하고자 취득한 점, 학생들이 부동산을 학과 또는 학내 동아리의 수련회 장소로 사용한 것으로 보아 펜션이라는 세무담당공무원의 출장복명서는 사실과 다른 것으로 보인다"고 전했습니다.

아울러 "부동산은 A법인이 학생 등을 위해 설치한 후생복리시설로 보이고 학생들을 위한 후생복리시설의 경우 반드시 학교 내에 있는 것만을 의미하는것은 아니다"라고 설명했습니다.

또한 심판원은 "부동산의 사용료는 그 사용자가 학생 등 조합의 조합원인지 여부에 따라 달리 책정되어 있고 사용료는 부동산을 유지, 관리하는데 필요한 실비 수준으로서 조합이 수익을 얻고자 부동산을 수련시설로 운영하는 것은 아니라고 보인다"고 주장했습니다.

또 "구성원이 아닌 일반인들이 부동산을 사용하고 있다고 하더라도 그 횟수가 전체 사용 횟수의 약 4%에 정도인 바 이를 근거로 조합 또는 A법인이 부동산을 학교 용도가 아닌다른 용도로 사용한다거나 수익사업에 사용하고 있다고 보기는 어렵다"고 덧붙였습니다.

[참고심판례 : 조심 2015지0584]